Diğer rehabilitasyon aktivitelerine geçebilmek için ağrı kontrolü ön koşuldur. Operasyona ve doku travmasına bağlı ağrı genellikle uygun tedaviyle yara iyileşmesiyle birlikte düzelir. Amputasyonlarda bir de doku travmasıyla ilgisi olmayan, fantom ağrısı olarak tanımlanan, ilaç tedavisine dirençli bir ağrı tipi görülebilir. Fantom hissi artık yerinde olmayan uzvun yerinde algılanan duyumlardır (örneğin, aslında uzuvda olmayan parmağın kaşınması veya kaza anındaki kopma veya ezilme hissinin sürmesi gibi). Uzmanlar, içsel olarak uzuv kaybının kabullenilmesinin, güdük masajının, bandajlamanın yarattığı homojen basının, egzersizlere erken başlamanın, geçici protez kullanmanın ve fizik tedavinin fantom ağrısını gidermede etkili olduğunu bildirmektedirler. Nadiren dirençli olgularda sinir blokajları ve cerrahi müdahale gerekebilmektedir. Özdeşleşilmiş bedenden bir parçanın yok olması adapte olunması güç bir durumdur. Aile ve yakınlarının sabır ve desteğinin yanı sıra profesyonel psikolojik destek almaktan kaçınılmamalıdır.
İlk aylarda çevre ısısının çok soğuk ya da sıcak olması, ruhsal çöküntü, gerginlik, uykusuzluk, ampute bacakta dolaşım bozukluğu, uzun süre hareketsiz kalmak ve geçirilmekte olan bazı enfeksiyonlar (gribal enfeksiyon, idrar yolu enfeksiyonu gibi) ağrıyı arttırabilmektedir. İleri dönemlerde ağrı nedeni genellikle güdük bakımındaki ihmalkarlık ve düzgün giyilmeyen protezlerdir. Bunu kontrol etmek için protez giyilip birkaç adım atılarak, protezin doğru yerlerden destek alıp almadığı belirlenir. Her şey doğru uygulanmasına rağmen güdüğünüzde başa çıkamadığınız bir ağrı olduğunda hemen doktorunuza başvurmalısınız.
